《亲爱的阿基米德》的结局存在多个版本，具体如下：

网络版结局

甄爱生下一对双胞胎，女儿养在古堡，儿子和真爱回到了严肃的身边，基本上剧情以喜剧结尾。

实体书结局

言溯和甄爱在一起了，两人有一个儿子叫小海豚，没有网络版里面的女儿贝拉，最后也没有组织的纠缠，总之是很美好的结局。

其他版本

有版本是甄爱生了一男一女，女儿被亚瑟养着，还叫亚瑟爸爸，男孩被言溯养着，而且小小溯（男孩）与爸爸的生活中没有出现过妈妈。

还有一个版本是甄爱被特工带走，藏了起来，然后回去拿信遇见严肃，然后幸福地在一起了，番外也说了有了个小孩子，叫他小海豚。

综合以上信息，可以得出结论：《亲爱的阿基米德》的结局存在多个版本，网络版和实体书版的结局不同，具体结局可能因版本而异。建议读者根据自己的阅读习惯和喜好选择合适的版本进行阅读。