两块磁铁放在杯子两侧能使水转的原因主要在于 电磁感应原理。当两块磁铁进行相对运动时，它们之间的磁场会发生变化，从而在周围产生电流。水作为一种导体，能够传导这个电流，并受到磁场力的作用而发生旋转。

具体来说，当两块磁铁相对运动时，它们的磁力线方向不断改变，形成了一个变化的磁场。这个变化的磁场在穿过水时，会在水中产生一个感应电流。根据法拉第电磁感应定律，感应电流的磁场会与原磁场相互作用，产生一个力矩，这个力矩会驱动水分子围绕磁场线旋转，从而形成旋转的水流。

此外，水分子在磁场中的排列也会发生变化，氧原子和氢原子之间的电荷分布和吸引力也会影响水的旋转方向。这种微观物理变化进一步促进了水的旋转运动。

综上所述，两块磁铁放在杯子两侧通过电磁感应原理使水旋转，是因为磁铁相对运动产生的磁场变化在水中诱导出电流，水作为导体在磁场中受到力的作用而发生旋转。