《只狼：影逝二度》的故事背景设定在日本战国时代，围绕着一个名叫 狼的忍者展开。狼是一个名誉不再、伤痕累累的忍者，他效忠守护继承古老血统的年轻御子，与危险的苇名一族以及众多凶恶之徒为敌。年轻的御子被抓走后，狼为了挽回荣誉，踏上了危机四伏的征程，展开了一场复仇与夺回荣誉的故事。

故事的核心力量来源是 樱龙，这条来自西方的龙在远古时期游荡至苇名，发现这里是一块久远的土地，因而在此盘踞疗伤，生根化为了上龙下树。樱龙受到重伤，无法仅凭借土地的养分完全恢复伤势，于是想要汲取生灵的生命之力。通过源之水，樱龙赋予了淤加美一族强大的力量与不死的特性。淤加美一族在获得力量后选择对苇名发动战争来为樱龙寻找祭品，但在剑圣苇名一心与仙峰寺的援助下败下阵来，销声匿迹了很长时间。

后来，樱龙与淤加美一族选择了另外一条策略，即将樱龙的大部分力量灌注到龙胤（凡人）的体内，由龙胤在外界获取养分，带回给樱龙。只狼这一代的龙胤是淤加美一族的九皇子，也就是只狼的主人。在这个时期，苇名的剑圣苇名一心病重，国势危机，其义孙子苇名弦一郎便想要利用九皇子的龙胤之血来帮助苇名一心获取不死的能力。于是在收买蝴蝶夫人后向田村发起了攻击，击败只狼，顺利掠走了九皇子。然而，九皇子却在战乱中利用自身的龙胤之血保住了只狼的性命，使其获得了不死之身。

九皇子不愿意与苇名弦一郎合作，将苇名一心化为不死之身，于是苇名弦一郎擅自利用九皇子的血液对水田的村民与金刚寺的僧人做起实验，想要创造一个人造的龙胤。三年间诞生了很多失败品，水田村的很多村民也因此成为了怪物。最终，苇名弦一郎成功创造了一个人造龙胤——变若皇子。再后来，只狼为了抢回皇子对苇名发起了突击，游戏期间因为皇子与苇名弦一郎爆发了很多场争斗。而皇子则因为看见了龙胤之血对生灵的迫害想要毁灭掉这股力量。

游戏中的不死力象征分为四种：龙胤之力、虫、假皇子（大概混杂了白蛇和虫之力的混合）以及变若水。这些力量全部源自于樱龙，游戏内曾经来自仙乡的丈大人和主角九郎应该都是巫女血脉后代。龙胤是偶发性的（隐性遗传），因此很罕见，因而遭人窥视，由此引发了苇名城线的种种。

总的来说，《只狼：影逝二度》的故事背景是一个充满神秘与魔幻的战国时代，涉及到樱龙、淤加美一族、龙胤之力以及不死之身等元素。主角狼为了挽回荣誉和守护年轻御子，展开了一场充满血腥与暴力的复仇之旅。