根据现有信息，安徽省内设有长笛专业的院校主要有以下两所：

安徽艺术学院

该校设有音乐学专业，其中包含长笛方向，属于安徽省内较知名的艺术类高校，具备专业师资和实验实训条件。

安徽师范大学音乐学院

该校曾设置过长笛专业，但根据最新信息，该专业可能已调整或停设。建议通过安徽师范大学官网或招生简章进一步确认。

补充说明

长笛专业通常属于艺术类本科专业，对学生的音乐素养和演奏能力要求较高，建议结合自身情况选择。

若需进一步了解具体招生信息或专业设置，可访问安徽艺术学院官网（www.annau.edu.cn）或咨询该校招生办。