《学园默示录》中的女主角宫本丽留级的原因主要有以下几点：

与紫藤浩一有关：

紫藤浩一的父亲被宫本丽的父亲追查资金的真正来源，这导致宫本丽被留级。

与老师有关：

有说法称，因为某个老师弄到宫本丽留级，并且这个老师实际上很邪恶，人品不好。

家庭背景：

宫本丽的父亲不喜欢她的老师，因此指示老师让宫本丽留级。

综合以上几点，可以得出结论，宫本丽留级的原因是多方面的，包括与紫藤浩一的家庭纷争、某个老师的个人行为以及家庭背景等。这些因素共同作用，导致她不得不留级。