水滴石穿在成语故事中的含义是通过具体的自然现象来比喻抽象的道理，具体解析如下：

一、故事背景

该成语出自宋朝张乖崖任崇阳县县令时的一次事件。当时崇阳社会风气败坏，盗窃现象严重，甚至县衙钱库也频发失窃。张乖崖为整顿吏治，决定严查此类行为。

二、核心情节

发现盗钱行为

张乖崖在巡行时发现一名小吏慌张离开钱库，经盘问发现其头巾藏有铜钱，确认其监守自盗。

严惩与训诫

小吏因一文钱被捕后拒不认错，张乖崖怒不可遏，写下“一日一钱，千日千钱，绳锯木断，水滴石穿”的判词。其含义为：

- 字面比喻：

水滴虽柔，但持续滴落终能穿透石头；绳子虽钝，日积月累可锯断木头。 - 引申寓意：微不足道的小事若长期积累，终将酿成大祸。

执行判决

张乖崖当堂斩杀小吏，并将判词公之于众，此举震慑了当地盗贼，社会风气得以改善。

三、成语演变

该成语后演变为“滴水穿石”或直接引用“绳锯木断，水滴石穿”，现多用于褒义语境，强调：

坚持的力量：

如科研工作者通过长期努力取得突破；

警示作用：如廉政建设中通过严查小案防止大腐败。

四、相关典故对比

类似寓意还体现在“绳锯木断”中，但“水滴石穿”更侧重时间对微小力量的放大效果，如“积土成山，积水成渊”。

综上，水滴石穿通过自然现象揭示了坚持与积累的重要性，成为汉语中激励持之以恒的经典比喻。