牛根生离开蒙牛的原因主要有以下几点：

退休并拟将更多时间投入慈善工作：

2021年11月30日晚，蒙牛乳业发布公告称，创始人牛根生因退休并拟将更多时间投入慈善工作，辞任公司非执行董事及战略及发展委员会成员。

内部管理和分歧：

有观点认为，牛根生离开蒙牛也与蒙牛内部的管理和分歧有关。一场内部管理危机让牛根生与伊利高层产生了分歧，最终他选择离开，为自己开辟一条新路。

2008年乳业危机：

2008年乳业的那场危机对蒙牛造成了巨大冲击，导致蒙牛股价暴跌，牛根生四处借债。虽然最终中粮集团携手厚朴基金入主蒙牛，但这次危机可能也促使牛根生意识到需要寻找新的发展方向。

权力斗争和资本操作：

有分析认为，牛根生的离开也可能与蒙牛背后的资本操作有关。2011年，牛根生辞去董事长一职，仅保留非执行董事等挂名职务，这可能意味着他在公司中的实际权力已经被削弱。2021年，牛根生最终辞去所有职务，这进一步表明他在公司中的影响力已经大大降低。

综上所述，牛根生离开蒙牛的原因是多方面的，包括退休、内部管理和分歧、2008年乳业危机以及资本操作等。这些因素共同作用，最终促使他离开了蒙牛。