在小说《敬山水》中，男主角和女主角不能在一起的原因是多方面的，主要包括以下几点：

家庭背景差异：

女主角简幸因为家庭原因自卑，特别是由于一笔讹来的赔偿金使得她得以搬家上了初中，这在简幸看来造成了双方的不平等。

女主角的自卑心理：

简幸的自卑不仅源于家庭，还源于那笔赔偿金，这使她始终觉得自己配不上男主角，甚至不敢靠近和表达自己的情感。

男主角的态度：

男主角徐正清并没有对简幸产生特殊的感觉，他只是把她当作普通同学，甚至在某些时候还刻意询问其他事情，没有意识到简幸对他的感情。

女主角的心理负担：

简幸的父亲残疾，而她的母亲为了钱将父亲被撞的事情栽赃到男主角的母亲身上，讹了男主角家一笔钱。简幸知道真相后，一直活在自责和愧疚中，每当她和男主角的关系更进一步时，这种负罪感就变得更加沉重。

社会现实压力：

小说的现实描写使得暗恋变得艰难，很少有人能够等到对方，更多的情况是暗恋的那个人从头到尾都不知道。简幸的暗恋之路充满了痛苦和挣扎，最终她也没能扛过病痛，没有实现真正的自由。

综上所述，由于这些复杂而现实的原因，男主角和女主角在小说《敬山水》中最终没有能够在一起。