关于工程发票的开具时间，需根据具体业务类型和合同条款综合判断，主要分为以下几种情况：

一、常规情况：工程完工后开具发票

基本原则

工程发票通常在工程完工并通过验收后开具，这是符合《发票管理办法》的要求。

特殊情况处理

- 若工程跨年度完成，需在工程实际完工时开具发票，而非项目整体结束后的某一时点。

- 对于分期完工的工程，可按实际完工进度分阶段开具发票。

二、特殊付款方式对应处理

预付款

收到预付款时无需立即开具发票，可先开具收据，工程完工并验收合格后再补开发票。

进度款与质保金

- 进度款通常与付款同步开具发票，便于发包方进行成本核算。

- 质保金可在工程验收合格且质保期结束前开具发票，或根据合同条款约定在最终付款时开具。

三、注意事项

合同条款约定

开票时间应与合同条款保持一致，若合同规定“工程验收合格后付清款项并一次性开票”，则需严格执行。

税务合规

- 开票时间不得早于实际发生经营业务的时间，否则可能面临税务风险。

- 建议保留付款凭证、工程进度报告等资料，以支持发票开具的真实性。

审计要求

若涉及审计，需在审计完成前开具所有相关发票，避免因发票滞后影响审计结果。

总结

工程发票的开具时间并非必须等待尾款全部结清，而是根据工程进度、合同条款及财务规范综合确定。建议与发包方明确约定开票时间节点，并确保合规操作以降低税务风险。